Самцхе-Джавахетия в дохристианские века входила в состав Иверии, с II в. до н. э., Иберия в борьбе с появившимися армянскими царствами потеряла южную часть своих территорий и Самцхе-Джавахетия вошла в состав древнего государства Великой Армении.

В 888–1008 годах Самцхе и Джавахети были одной из областей Тао-Кларджетского царства или "Царства Грузин", средневекового грузинского государства на западе Закавказья.

В IX — начале X века ставший абхазским царём Баграт III из династии Багратиони объединил все грузинские княжества, тем самым став первым царём объединённой Грузии. Самцхе и Джавахети были воссоединены к объединённой Грузии в 1008 г .

В 1490 году после распада единой Грузии территория Самцхе и Джавахети входила в состав грузинского княжества Самцхе-Саатабаго.

В 1590–1625 годах территория царства Самцхе-Саатабаго неуклонно сокращалась, царству приходилось вести борьбу с экспансией Османской империи, окончательно самцхийская государственность была ликвидирована и территория оккупирована Османской империей.

В 1828–1829 годах после русско-турецкой войны Самцхе и Джавахети были освобождены и в дальнейшем включены в состав Тифлисской губернии.

На сегодняшний день входит в состав Грузии и включает области Месхетия и Джавахетия.

Главной исторической достопримечательностью являются пещерные монастыри Вардзиа XIIв и Ванис Квабеби VIII век. В крае находится курорт Боржоми со всемирно известной минеральной водой.

В административном отношении край состоит из шести муниципалитетов 1 города-муниципалитета:

• Город Ахалцихе
• Адигенский муниципалитет – центр Адигени
• Аспиндзский муниципалитет – центр Аспиндза
• Ахалкалакский муниципалитет – центр Ахалкалаки
• Ахалцихский муниципалитет – центр Ахалцихе
• Боржомский муниципалитет – центр Боржоми
• Ниноцминдский муниципалитет – центр Ниноцминда

Численность населения края составляет 160 500 жителей. 54,6 % жителей составляют армяне, 43,4 % — грузины, 1,1 % — русские, 0,4 % — осетины (822 чел.), 0,4 % — греки.

Религиозный состав края: Армянская Апостольская Церковь (42,3 %), Грузинская православная церковь (40,9 %), Армянская Католическая Церковь (13,2 %), Ислам (2,8 %).

До наших дней в Месхетии-Джавахетии сохранилось много развалин минаретов, мечетей, медресе, построенных с XIV по XIX века. Все эти мечети и минареты указом Министерства культуры Грузии № 3/33 от 2006 года взяты под защиту государства как культурное наследие. Им придан статус памятников культуры Грузии и Месхетии. В настоящее время проводятся мероприятия по их реконструкции и восстановлению.